Dalam pasal 3 ayat (2) Permendagri Nomor 46 Tahun 2008 dijelaskan, BPBD Provinsi dan BPBD Kabupaten/Kota dipimpin oleh Kepala Badan secara ex-officio dijabat oleh Sekretaris Daerah. Maksudnya dirangkap jabatan oleh Sekretaris Daerah.
Sedangkan dalam Pasal 6 Permendagri Nomor 46 Tahun 2008 disebutkan, Susunan organisasi BPBD Provinsi dan BPBD Kabupaten/Kota terdiri atas Kepala, Unsur Pengarah dan Unsur Pelaksana.
Selanjutnya, dalam Pasal 9 ayat (2) dijelaskan, Unsur Pelaksana BPBD Kabupaten/Kota dipimpin oleh Kepala Pelaksana yang membantu Kepala BPBD Kabupaten/Kota dalam penyelenggaraan tugas dan fungsi Unsur Pelaksana BPBD Kabupaten/Kota sehari-hari.
Adapun eselonering Kepala Pelaksana BPBD Kabupaten/Kota sebagaimana diatur dalam Pasal 23 ayat (1) Permendagri Nomor 46 Tahun 2008 sama dengan Kepala Dinas dan Kepala Badan (seperti Kepala Bappeda atau Kepala Bapenda). Yaitu, eselon II.b. (Red/yun).